A ciklodextrinek (CD-k), főleg a ciklodextrin-származékok analitikája sok szempontból különbözik a gyógyszermolekulák vagy az egyéb szénhidrátok vizsgálatától. Az alap ciklodextrinek (α-, β- és γ-CD) viszonylag egyszerűen vizsgálhatók folyadékkromatográfiával, de CD-származékok analízise már bonyolultabb feladat. Az alap CD-k, főleg a β-CD vízoldhatósága alacsony, kémiai módosításával, pl. hidroxipropil-, szulfobutilvagy metil-csoportok beépítésével viszont az oldhatóság jelentősen növelhető. A legelterjedtebb hidroxipropil- és szulfobutil-származékokat elsősorban gyógyszeripari formulázásra, a hatóanyag oldhatóságának és stabilitásának növelésére, biológiai hasznosulás javítására használják. A CD-származékok egyéb ipari és analitikai felhasználása is jelentős, például királis adalékként enantiomerek elválasztására is alkalmasak. A CD-származékok a gyártási eljárástól függően igen különböző átlagos szubsztitúciós fokúak és komponenseloszlásúak lehetnek, hiszen a β-ciklodextrin gyűrű 21 hidroxil-csoportja cserélhető ki a kívánt-oldalláncra.