A molekuláris felismerés jelenségének működése során egy gazdamolekula az őt körülvevő molekulahalmazból kiválaszt egy vendégmolekulát, és intermolekuláris másodlagos kötőerőkkel összetartott komplexet alkot vele. Példa erre az enzimek működése. Emil Fischer az enzimek specifikus szubsztrátfelismerését a zár és a kulcs kapcsolatához hasonlította. Elméletének felismerési mechanizmusa lelhető fel egy általános receptor vendégmolekulával alkotott komplexében.